医治非淋菌性尿道炎的药物，主要是用广谱抗生素，如四环素、强力霉素、美满霉素、红霉素、土霉素等。

如果是孕妇或哺乳妇女，不宜使用四环素，可选用土霉素或红霉素。如果用后，仍然炎症未消，就应检查是否为阴道滴虫、念珠菌或疱疹病毒所感染。如是，则改变医治药物，即可收效。如果不是这类病原体所致，则应考虑是否与配偶、性伙伴仍保持性接触，而配偶和性伙伴患有非淋菌性尿道炎，造成反复感染所致。